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Há uma anomalia congênita do pâncreas que pode aumentar o risco de pancreatite crônica, em função de a drenagem de secreção pancreática ser feita apenas, ou predominantemente, pela papila maior. Evidencia-se a presença dessa anomalia no caso de:
fibrose cística
pâncreas anular
cistos congênitos
pâncreas divisum
pâncreas ectópico