São finalidades da auditoria,

auditar o médico assistente e, se necessário, alterar a conduta médica a fim de proporcionar o melhor tratamento para o usuário.

produzir informações para subsidiar o planejamento das ações que contribuam para o aperfeiçoamento do SUS e para a satisfação do usuário.

avaliar a qualidade, a propriedade e a efetividade dos serviços de saúde prestados à população, sem visar à melhoria progressiva da assistência à saúde.

avaliar subjetivamente os elementos componentes dos processos da instituição, serviço ou sistema auditado, objetivando a melhoria dos procedimentos, através da detecção de desvios dos padrões estabelecidos.