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Diversos micro-organismos são responsáveis pela indução de patologias pulpares e perirradiculares. Com base no exposto, os principais microorganismos encontrados em uma infecção endodôntica primária são:
bactérias gram-negativas anaeróbicas, como Porphyromonas e Prevotella
bactérias gram-positivas facultativas, como o Enterococcus faecalis e Streptococcus
bactérias gram-negativas facultativas, como Tanerella e Dialister
bactérias gram-positivas anaeróbicas, como Actinomyces e Eubacterium