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Os microrganismos associados à cárie são, em sua maioria, acidogênicos e acidúricos. A presença de fungos foi recentemente associada à etiologia da cárie dentária. A espécie fúngica mais relacionada com a cárie radicular é a
Candida albicans.
Porphyromonas gingivalis.
Aspergillus niger.
Aspergillus flavus.