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O insucesso endodôntico pode ocorrer mesmo em canais adequadamente obturados, devido à permanência de bactérias gram-positivas e alguns tipos de fungos que não foram removidos durante o preparo químico mecânico, resultando na necessidade de retratamento endodôntico. Dentre os fungos responsáveis pelo insucesso no tratamento endodôntico, pode-se citar:
Candida albicans.
Actinomyces israelii.
Enterococcus faecalis.
Propionibacterium propionicum.