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A cárie dentária resulta de atividades metabólicas de bactérias nas comunidades microbianas dentárias, conhecidas como biofilmes (geralmente referidos como placa dentária). A presença de comunidades microbianas na superfície dentária é um pré-requisito para o desenvolvimento de lesões cariosas. A microbiota residente contribui direta ou indiretamente ao desenvolvimento normal do hospedeiro, e funciona como parte das defesas inatas do hospedeiro agindo como barreira à colonização permanente por organismos transitórios, alguns dos quais são potencialmente patogênicos. Os mecanismos envolvidos na resistência à colonização, feita pelos microrganismos residentes, NÃO incluem:
Formação do fluido crevicular gengival ao redor da margem gengival.
Saturação dos sítios de adesão microbiana.
Competição mais efetiva para nutrientes essenciais.
Criação de condições desfavoráveis ao crescimento dos micróbios invasores.
Produção de agentes inibitórios, isto é, bacteriocinas e peróxido de hidrogênio.