Como diferença elementar entre o FUNDEF e o FUNDEB, temos:

Um está voltado exclusivamente para o ensino fundamental, já o segundo, engloba todo o nível básico da educação.

Apenas a nomenclatura mudada por finalidades políticas na transição entre governos.

A centralização do primeiro e a descentralização do segundo.

O baixo entendimento do impacto na educação por parte dos prefeitos do primeiro com relação ao segundo.

As gestões que o implementaram.