A PNEEPEI visa garantir que os estudantes público-alvo da Educação Especial sejam incluídos no sistema educacional geral. A principal estratégia para a garantia desse sistema educacional inclusivo é a seguinte:
Criação de escolas especiais exclusivas para o público-alvo.
Separação dos alunos em classes de aceleração.
Ênfase na transversalidade apenas no Ensino Superior.
Inclusão em classes e escolas comuns, com o apoio necessário.
Restrição do acesso ao Atendimento Educacional Especializado (AEE).