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Problemas comumente encontrados em instrumentos de espectrometria de massas do tipo MALDI-TOF, após operação contínua prolongada, incluem redução da sensibilidade, da resolução e da intensidade do sinal de íons. Esses problemas estão frequentemente associados à fonte de ionização. É uma razão comum para a diminuição do desempenho em um instrumento MALDI-TOF MS:
Redução da potência da fonte de luz UV laser do instrumento.
Perda de vácuo com consequente aumento da pressão interna do tubo de voo.
Falha no detector de íons.
Falha na comunicação do tubo de voo.
Falha no desvio de íons.