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A arquitetura da plataforma JAVA EE provê uma clara divisão tanto lógica quanto física de aplicações em camadas. Aplicações Java EE distribuídas são comumente compostas de uma camada cliente, que implementa a interface com o usuário; uma ou mais camadas intermediárias, que processam a lógica do negócio e proveem serviços à camada cliente; e uma camada formada por sistemas legados (por exemplo, mainframes) e servidores de bancos de dados, chamada de
Enterprise Information System − EIS.
Data Access Object − DAO.
Enterprise Service Bus − ESB.
Java Persistence Tier − JPT.
Java Database and Legacy Systems − JDLS.