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Os sistemas produtivos de avicultura de corte, suinocultura e bovinocultura de corte devem ser monitorados, devido a sua importância social e econômica, a seu nível de consumo pela população, à associação com doenças transmitidas por alimentos e ao uso de antimicrobianos. Dois microrganismos continuam sendo avaliados para o monitoramento da resistência aos antimicrobianos, devido a sua importância como bactérias de origem alimentar, sendo eles:
Salmonella spp e Escherichia coli
Staphylococcus aureus e Salmonella spp
Staphylococcus aureus e Escherichia coli
Clostridium perfringens e Escherichia coli
Listeria monocytogenes e Staphylococcus aureus