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O controle microbiológico, instituído pela Instrução Normativa n°58 de 2018 do MAPA, nos abatedouros frigoríficos de suínos e bovinos, compreende:
a coleta de amostras para análise de Enterobacteriaceae e Salmonella spp. em carcaça de suínos.
a coleta de amostras para análise de Escherichia coli produtora de Shiga toxina, denominada de STEC em carcaça de bovinos.
a coleta de amostras para análise de Enterobacteriaceae e Salmonella spp. em carne de bovinos.
os sorogrupos de STEC a serem pesquisados na carcaça bovina serão O157:H7, O26, O45, O103, O111, O121 e O145, por serem considerados de alto risco para a saúde pública.
a coleta de amostra para a pesquisa de STEC por esfregadura da superfície das carcaças com o auxílio de esponjas estéreis.