A proposta de transversalidade pode acarretar algumas discussões do ponto de vista conceitual, como, por exemplo, a da sua relação com a concepção de interdisciplinaridade, bastante difundida no campo da pedagogia. Sobre o assunto, é correto afirmar que:
na transversalidade, os temas constituem novas áreas, pressupondo um tratamento individualizado das diferentes áreas.
a interdisciplinaridade refere-se principalmente à dimensão da didática.
é exclusivo da transversalidade apontar a complexidade do real e a necessidade de se considerar a teia de relações entre os seus diferentes e contraditórios aspectos.
transversalidade e interdisciplinaridade - se fundamentam na crítica de uma concepção de conhecimento que toma a realidade como um conjunto de dados estáveis, sujeitos a um ato de conhecer isento e distanciado.
a transversalidade diz respeito a uma abordagem epistemológica dos objetos de conhecimento.