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Os diversos métodos de coloração para a visualização microscópica das estruturas celulares se baseiam nas propriedades químicas dos elementos envolvidos. O azul de metileno é amplamente utilizado nos laboratórios de análises clínicas pela sua característica:
ácida corando elementos do núcleo celular
básica corando elementos do núcleo celular
ácida corando a porção fluida do citoplasma
básica corando a porção fluida do citoplasma