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Para os ensaios microbiológicos, as principais fontes de incerteza durante o processo analítico são:
matriz, operador, tempo, meios de cultura.
equipamentos, meios de cultura, reagentes, operador e tempo.
amostragem, tempo, treinamento, operador, reagentes.
qualificação, operador e meio de cultura.
homogeneização das amostras, treinamento, qualificação e meio de cultura.