Como pontos polêmicos durante a tramitação da Lei Orgânica da Saúde no Congresso Nacional, destacam-se:
A
A natureza das instâncias colegiadas do SUS; a participação da iniciativa privada em caráter complementar; a descentralização; a definição das fontes de financiamento e a política de recursos humanos
B
A natureza das instâncias colegiadas em âmbito municipal; a descentralização das unidades federadas para os municípios; a política salarial dos servidores
C
A descentralização; a natureza das instâncias colegiadas estaduais e os recursos financeiros.
D
A estadualização dos hospitais federais