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Apesar das sulfonamidas apresentarem uma seletividade notável, devido ao desenvolvimento de resistência desses fármacos, provocou a redução de seu uso. A resistência às sulfonamidas pode-se desenvolver em virtude de, EXCETO:
Superprodução do substrato endógeno PABA.
Diminuição da permeabilidade da membrana às sulfonamidas.
Alguns estafilococos resistentes, que produzem níveis de PABA 70 vezes maiores que o valor normal.
Mutação no sítio de ligação do PABA na di-hidropteroato sintase, resultando em diminuição da afinidade da enzima por sulfonamidas.