O uso de marcadores com base no DNA permite uma avaliação
das relações filogenéticas entre espécies, gêneros e famílias,
bem como entre populações. Embora as diferenças encontradas
nas sequências de DNA possam ser modificadas pela ação do
ambiente, esses marcadores são mais vantajosos, quando
comparados aos marcadores morfológicos e aos proteicos, pois
são fixados no momento da fertilização.