A estrutura organizacional do CRO‑AM compreende, entre outros, os órgãos de representação que são constituídos pelas delegacias regionais, pela procuradoria jurídica e pelos representantes municipais.
Considerando‑se os atos de autoridade ou os normativos do CRO‑AM, as determinações da presidência serão proferidas por meio de portarias, de despachos e de ordens de serviço, enquanto as deliberações da assembleia geral, do plenário e da diretoria serão proferidas por meio de resoluções, decisões, pareceres conclusivos e votos.
É de competência do setor de fiscalização (SEFISC), do Conselho Regional de Odontologia do Amazonas (CRO‑AM), prestar consulta ao público e aos inscritos no CRO‑AM que exerçam atividades na área da odontologia, em âmbito público e privado, a respeito das questões relacionadas ao exercício profissional.