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Todos os alimentos, de origem animal ou vegetal, possuem a sua microbiota natural. Esses microrganismos podem ser agrupados como contaminantes (deteriorantes, patogênicos e indicadores) ou úteis. Sobre esta classificação é correto afirmar que os microrganismos:
úteis ou benéficos são os que, após ingestão, agregam saúde a quem está ingerindo, como, por exemplo, os prebióticos.
patogênicos são aqueles que podem provocar doenças, seja pela ingestão da célula viável ou de seus metabólitos tóxicos.
indicadores, devido à sua multiplicação no alimento, levam à modificação das características sensoriais dos alimentos.
deteriorantes são utilizados para avaliar as condições higiênico-sanitárias ou de manipulação de um alimento.
úteis ou benéficos são utilizados para o desenvolvimento de novos alimentos, nos quais apenas as leveduras participam deste processo.