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Num adulto, o meio microbiótico intestinal representa um ecossistema extremamente complexo, compreendendo quinhentas espécies bacterianas. A microbiota exerce a função de um órgão no organismo, porque ela intervém em várias funções. NÃO corresponde a uma função da microbiota intestinal saudável:
A aquisição da tolerância alimentar.
A organização do sistema imunológico: o sistema fica menos ativo.
A microbiota digere certos alimentos que vão tornar-se absorvíveis pelo intestino.
A espessura, a vascularização das vilosidades intestinais, a renovação das células intestinais são correguladas pela microbiota.