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A implementação do Apoio Matricial enfrenta diversos obstáculos que precisam ser conhecidos, analisados e, quando possível, removidos ou enfraquecidos para que seja possível trabalhar com base em equipe interdisciplinar e sistemas de co-gestão. Sobre os obstáculos estruturais enfrentados para a implementação do apoio matricial no SUS, podemos dizer que:
A construção de unidades de gestão recortadas segundo a profissão ou especialidade médica melhora o acompanhamento do cuidado em saúde de indivíduos, devido ao olhar especializado.
Organizações de saúde arranjadas segundo equipes interdisciplinares permitem definir responsabilidades sanitárias e vínculos entre profissionais e usuários.
O uso de sistemas de referência e contrarreferência e protocolos de regulamentação não são capazes de mitigar a fragmentação dentro da gestão do cuidado.
A organização do serviço de saúde por tipo de produto ou processo de trabalho favorece a adoção do método de trabalho de apoio matricial.
A fragmentação da responsabilização entre setores e profissionais favorece a clareza nas funções de cada integrante da equipe, garantindo maior coesão e continuidade no cuidado ao usuário.