O emprego da autoclave na odontologia se justifica por eliminar:
Parcialmente a microbiota residente nos artigos odontológicos, selecionando o meio para a proliferação de microrganismos mais fortes.
Todas as formas de microrganismos existentes nos instrumentais odontológicos.
Apenas bactérias Gram negativas.
Em sua totalidade os vírus ou parasitas, permitindo apenas a sobrevivência de bactérias patogênicas.