Alguns professores, ao identificarem metodologia científica com metodologia do ensino, passaram a acreditar que somente com laboratórios é possível garantir melhoria na qualidade do ensino de Ciências Naturais. A crítica a essa perspectiva reside no fato de que o(s)/a(s):
professores não usufruem de conhecimento suficiente para realizar experiências científicas
recursos financeiros são insuficientes para equipar todas as escolas com laboratório de Ciências
escolas, em sua maioria, não possuem espaço adequado para a efetivação de um laboratório de Ciências
experimentação, sem uma atitude investigativa mais ampla, não garante a aprendizagem dos conhecimentos científicos