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A iniciação científica, quando integrada ao trabalho pedagógico escolar, apresenta potencial formativo que ultrapassa a organização tradicional dos conteúdos. Nessa perspectiva, ela contribui para a interdisciplinaridade porque:
Permite o aprofundamento isolado de cada disciplina, respeitando seus limites epistemológicos.
Possibilita a articulação de diferentes áreas do conhecimento na investigação de problemas complexos da realidade.
Elimina a necessidade de organização curricular, substituindo-a por atividades livres.
Prioriza o domínio técnico de experimentos, independentemente da reflexão teórica.