Alguns fatores são importantes para a seleção da fase móvel...

Os solventes usados em cromatografia líquida de alta eficiência devem ter viscosidade baixa, a fim de que o bombeamento se dê com menor perda de carga.

Para separações isocráticas, a toxicidade da fase móvel não é um fator a ser considerado.

Uma fase móvel eficiente deve ter alta compressibilidade, para que o bombeamento se dê mais facilmente.

Somente fases móveis de composição variável podem ser utilizadas com detectores de índice de refração.

Os melhores solventes para uso em cromatografia líquida de alta eficiência com fase reversa são os que apresentam menor constante dielétrica.