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Na espectrometria de massas, independentemente do método de introdução da amostra, as moléculas presentes devem ser transformadas em partículas carregadas pela fonte de ionização antes de serem analisadas e detectadas. A ionização por eletronebulização (ESI-MS) e a ionização por elétrons (EI-MS), são as duas das fontes de ionização mais utilizadas na técnica de espectrometria de massas. Em ambos os tipos de fontes, é correto afirmar que:
as taxas de fragmentação do analito são altas, o que favorece sua elucidação estrutural
as amostras podem ser introduzidas sob qualquer estado físico, ou seja, gás, líquido ou sólido
os íons formados são de carga única ou de cargas múltiplas, de maneira que seus valores de m/z são suficientemente pequenos para torná-los detectáveis
as moléculas da amostra são transformadas em íons em fase gasosa, acelerados por um campo eletromagnético para o analisador de massas, onde são separados com base na sua razão massa/carga (m/z)