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A espectrometria de massas tipo MALDI-TOF pode ser bastante robusta para identificação de microrganismos, podendo prover uma identificação de amostras de microrganismos desconhecidas ao nível de espécie. Entretanto, há limitações importantes do MALDI-TOF, tais como:
Impossibilidade de detectar peptídeos.
Baixa reprodutibilidade de espectros de massa.
Inviabilidade de identificar organismos sem espectros no banco de dados.
Impossibilidade de detecção de microrganismos com parede celular rígida.
Incapacidade de ampliação de bibliotecas espectrais.