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A estrutura geral de um aminoácido pode ser representada pela seguinte estrutura.

Observa-se que o carbono central está ligado a um grupo amino (–NH2), a um grupo carboxila (–COOH), a um átomo de hidrogênio e a uma cadeia lateral variável (R). Com base nessa estrutura, o caráter anfótero dos aminoácidos decorre do fato de que essas moléculas:
possuem cadeias laterais sempre ionizáveis
mantêm carga elétrica nula independentemente do meio químico
são formadas exclusivamente por ligações covalentes apolares
apresentam obrigatoriamente anéis aromáticos em sua estrutura
apresentam simultaneamente um grupo funcional ácido e um grupo funcional básico