Quais os problemas de usabilidade mais recorrentes em sites...

Não é importante para a usabilidade se um menu de links está ou não bem-organizado.

Quando não há repetições e ocorrências das mesmas informações ou links em áreas distintas do website.

Quando alguns links estão posicionados na página de uma forma que dificulte navegação.

O uso de animações, pop-ups e transições em excesso não é indicado como problema de usabilidade na web.