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As espécies da fauna ameaçadas de extinção no Estado de Santa Catarina estão classificadas em três critérios, como aponta o Conselho Estadual do Meio Ambiente (CONSEMA), por meio da Resolução CONSEMA n.º 002/2011, quais sejam: criticamente em perigo, em perigo e vulnerável. Entre elas, temos:
O mamífero Ctenomys minutus, popularmente conhecido como tuco-tuco, e a ave Jabiru mycteria, popularmente conhecida como tuiuiú.
O peixe Epinephelus itajara, popularmente conhecido como mero verdadeiro, e a ave Ara chioropterus, popularmente conhecida como arara vermelha.
A ave Aburria jacutinga, popularmente conhecida como jacutinga, e o mamífero Leopardus wiedii, popularmente conhecido como gato-maracajá.
A ave Ramphocelus bresilius, popularmente conhecida como tiêsangue, e o mamífero Chrysocyon brachyurus, popularmente conhecido como lobo-guará.
O mamífero Alouatta caraya, popularmente conhecido como bugio, e a ave Eudocimus ruber, popularmente conhecida como guará.


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