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A desinfecção é a última e indispensável etapa de um fluxograma geral de higienização.
Resíduos orgânicos ativam a maioria dos princípios ativos utilizados nas formulações dos desinfetantes.
O contato com a luz decompõe os produtos clorados, e a temperatura elevada provoca sua volatização.
Uma das desvantagens da utilização de radiação ultravioleta é o aparecimento de sabores indesejáveis nos alimentos com efeito residual importante.
Por causa de sua alta solubilidade em água, na utilização de compostos iodados, é comum fazer-se a mistura do iodo com um agente tensoativo não iônico.
As desvantagens de se utilizar o peróxido de hidrogênio como desinfetante são: alta toxicidade, alto efeito residual e o fato dele requerer enxágue.