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As doenças transmitidas por alimentos podem ser causadas pela presença de micro-organismos indicadores e patogênicos nos alimentos, quando:
os fatores intrínsecos interferem no seu metabolismo como umidade, pH, temperatura, potencial de óxido-redução e tensão de O2.
temperaturas abaixo de 28 ºC, os micro-organismos psicrotróficos se multiplicam, alterando rapidamente os alimentos, e, abaixo de 3 ºC, os micro-organismos psicrófilos se multiplicam, alterando ou deteriorando os alimentos, quando armazenados por longos períodos.
o micro-organismo Bacilus cereus do tipo clássico produz enterotoxina termoestável no alimento, causando toxinfecção alimentar clássica.
os fungos multiplicam-se em alimentos mais secos, frescos e que tenham quantidades maiores de açúcares, como frutas e doces, possuem vida própria e não produzem toxinas cancerígenas.