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Os micro-organismos indicadores vêm sendo utilizados na avaliação da qualidade microbiológica da água, há muito tempo, e mais recentemente na de alimentos. A bactéria utilizada como indicador de contaminação de origem fecal presente nos alimentos é a
Salmonella sp.
Escherichia coli.
Yersinia enterocolitica.
Listeria monocytogenes.
Pseudomonas aeruginosa.