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Os trilhões de micro-organismos que habitualmente colonizam o intestino humano são denominados, em conjunto, de microbiota. Existem cinco filos de bactérias dominantes no trato gastrointestinal humano. Podemos citar, dentre eles:
Verrucomicrobia (Gram-Positivas).
Bacteroidetes (Gram-positivas).
Proteobacteria (Gram-Positivas).
Firmicutes (Gram-positivas).
Actinobacteria (Gram-negativas).