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Os organismos causadores de doenças transmitidas por alimentos são normalmente divididos em dois grupos: infecciosos e intoxicantes. O primeiro grupo compreende os micro-organismos que se multiplicam no trato intestinal humano, enquanto o segundo é formado por aqueles que produzem toxinas, tanto nos alimentos quanto durante sua passagem pelo trato intestinal. São exemplos de agentes infecciosos:
Salmonella, Campylobacter e E. coli patogênicas.
Bacillus cereus, Clostridium botulinum e Vibrio cholerae.
Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis e Vibrio parahaemolyticus.
Clostridium perfringens, Bacillus licheniformis e Vibrio vulnificus.