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Microrganismos indicadores são grupos ou espécies de microrganismos que, quando presentes em um alimento, podem fornecer informações sobre a ocorrência de contaminação de origem fecal e sobre a provável presença de patógenos, além de indicar condições sanitárias inadequadas durante o processamento, a produção e o armazenamento. Um dos critérios que define o microrganismo ou o grupo de microrganismos como indicadores é que
seu número não deve correlacionar-se com o do patógeno.
deve apresentar necessidades de crescimento e velocidade de crescimento diferente das do patógeno.
deve ter velocidade de morte e de sobrevivência muito superior à do patógeno.
deve ser facilmente distinguível de outros microrganismos da microbiota do alimento.