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A microbiologia de alimentos estuda a presença e a atividade de microrganismos nos alimentos. A contaminação por Escherichia coli é frequentemente associada a:
Alimentos fermentados, como iogurte e queijo.
Produtos de origem vegetal, como frutas e vegetais crus.
Produtos cárneos, como carne moída e frango mal cozido.
Grãos e cereais, como arroz e trigo.