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Os medicamentos antirretrovirais utilizados por pacientes com HIV/AIDS podem afetar a absorção, o metabolismo, a distribuição e a excreção dos nutrientes. Além disso, efeitos colaterais dos medicamentos podem afetar o consumo alimentar. Outros efeitos colaterais, relacionados ao manejo nutricional, incluem as alterações metabólicas, que são:
Obesidade periférica e hipertensão.
Intolerância à glicose e cirrose.
Dislipidemia e resistência à insulina.
Distrofia muscular e apneia do sono.
Retinopatia e pericardite.