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Segundo Giordan (2013), o uso da simulação computacional apresenta diversos aspectos positivos, dentre os quais podemos destacar a representação de modelos tridimensionais em Química Orgânica, pois a simulação é uma forma de:
mediação que possibilita uma representação real de modelos submicroscópicos.
mediação para relacionar os fenômenos macroscópicos e submicroscópicos.
reproduzir os modelos atômicos submicroscópicos em um formato real.
representação mais fidedigna de moléculas orgânicas, em comparação com as inorgânicas.
reproduzir o fenômeno macroscópico em uma escala visível.