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A utilização de representações tridimensionais no ensino de Química Orgânica, sejam elas físicas (bola-vareta) ou computacionais, são fundamentais para a compreensão de diversos fenômenos, como, por exemplo, a isomeria. Um docente, necessariamente, utilizaria tais modelos tridimensionais para explicar a diferença entre as moléculas:
éter dimetílico e etanol.
metoxi-propano e etoxi-etano.
2-metilpentano e 3-metilpentano.
1,3-dimetilbenzeno e 1,4-dimetilbenzeno.
cis-1,2-dicloroeteno e trans-1,2-dicloroeteno.