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A sobrevivência e a multiplicação de um micro-organismo nos alimentos são dependentes de seus mecanismos de defesa e das condições do meio, expressas principalmente pelos níveis de oxigenação, pH e temperatura.
Quanto ao supracitado, sabe-se que:
as bactérias acéticas e patogênicas aeróbicas (como Salmonella spp) predominam em alimentos muito ácidos (pH<7), como pescados e carnes;
os parasitas intestinais, como os helmintos de transmissão fecal-oral (como Ascaris lumbricoides) podem também estar envolvidos em surtos de doenças transmitidas por alimentos;
os príons, partículas lipídicas que têm poder infectante, podem também ser transmitidos por alimentos. Um exemplo desse tipo de infecção é a cardiopatia bovina ou “síndrome da vaca louca”;
a infecção causada por Vibrio cholerae é resultante da ingestão do micro-organismo patogênico, que gera diarreia intensa, com sangue e raramente desidratação;
a Giardia lamblia, uma bactéria procarionte, tem como mecanismo a aderência à mucosa intestinal, impedindo a absorção das gorduras, levando a diarreias persistentes.